מאחורי ניסיון החטיפה של מטוס פליי דובאי עמדה גם היערכות ישראלית להכרעה קשה במיוחד: האם להפיל מטוס נוסעים שעל סיפונו יותר מ־160 ישראלים, כדי למנוע פיגוע המוני. רשת CBS דיווחה כי האפשרות נשקלה בעקבות הערכות מודיעיניות שלפיהן טייס המשנה התכוון לפגוע בנמל התעופה בן גוריון או במגדל גבוה בתל אביב.
האירוע הסתיים לאחר שהקברניט הצליח לפתוח את דלת תא הטייס ולאפשר לנוסעים ולאנשי הצוות להשתלט על התוקף. המטוס, שהיה במרחק של כ־600 קילומטרים מהגבול, פנה לסעודיה.
עד לאותו רגע, בישראל נערכו לתרחיש אחר. הניסיונות של חיל האוויר ליצור קשר עם תא הטייס לא נענו, ומטוסי קרב שוגרו לצד הקמת מרכז שליטה. לפי הנהלים המתוארים בדיווח, מטוס המוגדר עוין ואינו מגיב בקשר מיועד ליירוט.
התוכנית הייתה שמטוסי הקרב יחצו את ירדן, יתקרבו למטוס ויבחנו את המתרחש בתא הטייס ובתא הנוסעים. משם היו אמורים להמתין להכרעה של ראש הממשלה בנימין נתניהו ושר הביטחון, אם יהיה צורך בהחלטה סופית על הפלתו. ברקע עמד החשש של גורמי המודיעין בישראל ובארצות הברית מפני מתקפת טרור בסגנון 11 בספטמבר.
על הרגעים שבהם נאבק בטייס המשנה סיפר הקברניט לנתניהו. לדבריו, גם לאחר שספג מכות רבות בראשו וראה את המטוס צולל בחדות, הצליח לגייס את שארית כוחותיו ולהגיע לדלת תא הטייס. "הייתה לי לחימה אחרונה אחת שנותרה בי. אם אני לא עושה את זה, אני הולך למות", אמר.
במקביל לבירור השתלשלות האירוע, נבדק עברו של התוקף, אל־המאמי. מדובר באזרח עומאני, יליד איחוד האמירויות, שגדל עם אם סורית ואב עומאני. בשנת 2024 שימש חניך בחברת "עומאן אייר", ובהמשך הועבר לתפקיד מנהלי בעקבות חשש שעבר הקצנה סורית.
קודם לכן, עד שנת 2023, למד מרחוק לתואר באווירונאוטיקה באוניברסיטת באקינגהמשייר הבריטית. בתקופת לימודיו פרסם ברשתות החברתיות התבטאויות קיצוניות המעודדות אלימות נגד נשים. נציגים ישראלים נשלחו לאיחוד האמירויות כדי להצטרף לחקירת האירוע.
